DUPLICIDADE DE MOVIMENTAÇÃO

Boa tarde.
empregado em férias fracionadas o pagamento é realizado todo no primeiro período de gozo e o período restante é so gozo de dias.
no retorno do primeiro período de 8 dias o empregado apresenta um atestado de 30 dias, então para o sistema ele esta de férias, em relação a remuneração, se ele tem direito a receber os primeiros 15 dias de atestado, mas ja recebeu adiantado em forma de férias, como deve ser cadastrado? tenso.