Maykon, bom dia.
Todas as empresas que possui empregados precisa ter/convênio com médico do trabalho, esses empregados quando em sua admissão teve que fazer o exame medico admissional, então esse e o médico do trabalho.
Com relação a sua pergunta
1 - Minha pergunta é a empresa é obrigada a aceitar o atestado?
R - Sim, (mas quem irá decidir e o médico do trabalho, a empresa (vc) não tem formação técnica para analisar um atestado, isso porque nunca se sabe a doença, e além disso o CID não e obrigatório, lembrando que se algo acontecer com os demais empregados, ou seja, exemplo um virus, a empresa será notificada pela vigilância sanitária, o médico será notificado também, e se esse não estiver ciente a empresa PODERÁ ser autuada.
2 - Se sim apos os 15 dias o inss aceita remunerar o mesmo?
R - A partir do 16º dia afastamento a responsabilidade e do INSS, onde a empresa ou empregado deverá agendar via meu.inss ou 135.
Maykon, para sua segurança, oriente seu cliente/direção, isso porque se algo acontecer, VOCÊ PODERÁ ser prejudicado, isso porque nos que trabalhamos no d.p/rh, fomos contratado para orientar, isso deve ser feito por escrito e colhido assinatura, para que no futuro não venha a empresa culpa-lo. Além disso a empresa precisa providenciar o PPRA/PCMSO., ok..