DCTF WEB Desoneração

Bom dia, estou com uma situação nova, empresa faz parte do grupo 2 e começou a enviar a DCTF WEB, essa empresa é uma transportadora que também realiza obras de construção civil para aluguel, no cadastro da empresa no esocial o evento S1280 está 1 integralmente substituída e percentual de redução 0,00. A empresa principal que é de transportes é 100% desonerada e as obras não são. Porém no fechamento pelo evento S1299 não leva nada da cota patronal para as obras, e consequentemente  na DCTF WEB também não gera a cota patronal para as obras, e ficando esse valor em aberto e pendente de recolhimento, minha pergunta é no sentido de como devo proceder o recolhimento da cota patronal das obras, uma vez que na DCTF WEB, quando transmiti e gerei a DARF não saiu esses valores.

Devo fazer o recolhimento através de DARF avulsa, no CPNJ da empresa e uma DARF para cada obra com seu respectivo valor de cota patronal?