Atestados intercalados com CIDs diferentes

Boa tarde galera, preciso da ajuda de vocês.

Tem um funcionário que apresentou os seguintes atestados:
09/05/2019 - atestado de 02 dias com o CID R-69 (Causas desconhecidas e não especificadas de morbidade);
13/05/2019 - atestado de 04 dias com os CIDs J-18.9 (Pneumonia não especificada) e N-20 (Calculose do rim e do ureter);
17/05/2019 - atestado de 01 dia com o CID R-69 (Causas desconhecidas e não especificadas de morbidade);
20/05/2019 - atestado de 05 dias com o CID R-69 (Causas desconhecidas e não especificadas de morbidade);
22/05/2019 - atestado de 60 dias com o CID R-19 (Outros sintomas e sinais relativos ao aparelho digestivo e ao abdome).
Esse último atestado foi após sair o resultado de um exame que o mesmo fez, pois até então o médico não tinha certeza do que ele tinha. 

Resumindo, o último dia que o funcionário trabalhou foi em 08/05/2019, visto que os atestados pegaram todos os dias de segunda a sexta a partir desta data. Nos sábados a empresa não funciona e domingo é o descanso semanal remunerado. 
Por causa dos CIDs diferentes tenho que usar apenas o último atestado para dar entrada no auxílio doença ou posso usar todos os anteriores?
Na hora de fazer o requerimento da perícia médica tenho que informar que o último dia trabalhado do funcionário foi dia 08/05/2019 (último dia que ele de fato foi), dia 18/05/2019 (sábado que a empresa não funciona e nenhum atestado pegou) ou tenho que colocar que foi em 21/05/2019 (dia anterior ao pegar o atestado de 60 dias com o CID R-19)?
A empresa terá que pagar os 15 primeiros dias a partir do dia 09/05/2019 ou do dia 22/05/2019?

Agradeço desde já, tenham uma ótima tarde. 

Conrado, boa noite
Não importa se o CID e diferente, isso porque a doença (próximos atestado) pode ser porque a anterior não foi, vamos assim dizer, totalmente curada,onde por causa disso houve aparecimento de uma nova doença, ou seja, uma levou a outra, isso só quem vai determinar e o médico.
O que a empresa DEVE FAZER e encaminhar ela ao MEDICO DO TRABALHO, isso porque esse TEM QUE FICAR CIENTE do que está acontecendo.
A empresa também já deve agendar a pericia junto ao INSS, onde o ultimo dia de trabalho foi 08 de Maio, também deve fazer uma carta/declaração relacionando todos os atestado médico, e informando que a empresa pagará os quinze primeiros dias, do dia 09 de Maio à 23 de Maio.
Conrado, e de suma importância o médico do trabalho ficar ciente, nunca se sabe a gravidade da doença. (já presenciei caso em que a doença era contagiosa, e os empregados que trabalham próxima a esse empregado, tiveram que fazer exame), ok..