Ana, boa tarde.
Como é um convênio médico, acredito que o sindicato contratou alguma operadora de plano de saúde para administrar o plano, então ao contribuinte ao invés de informar o cnpj do sindicato, informar o cnpj da operadora do plano.
Exemplo
Sindicato contratou a empresa SAÚDE PARA TODOS (rsrsrsr), onde o cnpj é 00.000.002/0001~00
E o cnpj do sindicato é 00.000.004/0001-00
Se o empregado informou o CNPJ do sindicato, então esse cairá na malha fina, onde ele deve retificar a sua Declaração de Imposto de Renda, informando o CNPJ correto, ok
Se for isso, então você deve orientar esse associado, ok..