Registro e recolhimento de impostos Filial

Boa tarde colegas, será a primeira vez que faço um registro numa filial, como é feita a questão do recolhimento dos impostos, é feito pelo Cnpj da matriz ou é entregue uma folha de pagamento separada pelo cnpj da filial  ? é necessário ter certificado digital para a filial, para acessar conectividade social, entregar folha e esocial ? ou é tudo feito pela matriz  ? 

Obrigada desde já.