Certamente há algum problema de comunicação aí. Ou não analisaram o ofício direito, ou o ofício teve algum erro de digitação, ou o colaborador informou um valor incorreto de salário na audiência (ou por fazer "bicos" ou por receber algum valor "por fora"). São algumas possibilidades.
Acredito que NUNCA um juiz determinaria uma pensão maior que o salário. Normalmente vai de 30 a 50% do salário. Nem se, como você disse, a empresa arcar e descontar na próxima folha daria certo, pois matematicamente isso viraria uma "bola de neve".
Reveja todo o processo, do início ao fim, pois certamente vai encontrar o problema desta situação.