Tolerância para hora extra

Olá, estou com uma dúvida a empresa onde eu trabalho quem faz o fechamento do ponto é terceirizado pelo escritório, e a empresa está pagando para todos os funcionários cerca de 2:30 a 3h de extra, estou analisando o ponto e esta computando como extra todos os minutos batidos antes, não usando a tolerância de 10 minutos diários.

Nossa jornada é 07:42 ao 12:00 - 13:30 as 18:00.

se o funcionário bater 07:42 - 12:01 - 13:25 - 18:01 (gerou 00:07 min de extra não é necessariamente ser pago correto?)

agora se bater 07:39 - 12:07 - 13:25 - 18:01 (gerou 0:16 min de extra, então como excedeu os 10 min da tolerância diária devemos pagar a extra correto?)

Agradeço a ajuda!

Olá Thaynara.

Seu raciocínio está correto.
Os minutos que não excedem 10, não deverão ser pagos ou descontados por estarem dentro da tolerância diária.
Quando ultrapassa, devem ser pagos em sua totalidade, como no seu exemplo dos 16 min.

Obrigada Carolina Gonçalves, o nosso escritório está alegando que os 5 minutos não são acumulativos durante o dia todo. E então por isto toda batida que se excede os 5 min estão sendo computados a extra. 

07:42 - 12:01 - 13:25 - 18:01 (neste exemplo eles estão pagando 00:07min de extra)

Só se estiver previsto em convenção Coletiva.
Porque a legislação diz: "§ 1º - Não serão descontadas nem computadas como jornada extraordinária as variações de horário no registro de ponto não excedentes de 5 minutos, observado o limite máximo de 10 minutos diários" - artigo 58.
É meio que interpretação. Mas costumo considerar 10 min. diários.