Indeferimento Aux Doença e não Retorno ao trabalho

Bom dia!
Gostaria de sabe como fica na folha de pagamento de uma funcionária que teve o pedido de auxilio doença negado (na verdade tenho 2 casos - um por falta de carência e outro pelo fato do inss a julga apta), porém ela se diz inapta ao trabalho, possui atestados do médico particular e o médico do trabalha não contesta os atestados mantendo-a inapta também. Devo deixá-la como licença sem remuneração (nesse caso o contrato estaria suspenso e não computando "tempo de serviço")?
Obs: não há nenhuma cláusula na CCT que mencione algo a respeito.

Bom dia Juliana,

1º caso: analise o documento emitido pelo INSS, pois o fato da carência fará que ela não receba o benefício (monetariamente falando), porém ela deve ficar afastada.

2º caso: oriente a funcionária a entrar com pedido de revisão no INSS, tendo em vista todos os atestados que comprovam sua incapacidade para o trabalho.. Enquanto isso, ela fica como afastada na folha de pagamento, no limbo previdenciário.