Controle de ponto

Boa noite ! 
A respeito do controle de ponto dos funcionários , como deve ser calculado ? utilizamos aqui na empresa um ponto eletrônico , onde extraímos as horas no final do mês e jogamos em uma tabela excel para realizar os cálculos . Acontece que surgiu uma dúvida, o horário aqui é de 07:00 as 11:30 e 12:30 as 17:00 (4:30 por período) . A tabela que estamos usando subtrai esses valores  ( ex: ( 11:40 - 7:15) = 4:25)  sendo possível observar que o funcionário excedeu os 10 minutos diários , no inicio da jornada ( limite 07:10) , porem realizando o calculo dessa forma , o fato de ter saído 00:10 minutos depois para o almoço  , fez com que abonasse esse atraso , isso esta correto ? 

Bruno, bom dia.
Não, a empresa deve descontar os 15 minutos como atraso, e notificar o empregado por escrito que o horário do almoço e as 11h30 e v.sa apontou o cartão às 11h40, sendo que esses 10 minutos não serão compensado no retorno do almoço.
Isso porque senão haverá outros que também farão o mesmo, isso virá uma bola de neve.
Imagina o transtorno principalmente na área de produção, e além disso se acontecer algum acidente nesse intervalo das 11h30 às 11h40, será considerado como acidente de trabalho, sendo que conforme a gravidade o responsável pela área será notificado pela justiça,ok..
Precisa também orientar o responsável pela área.

Muito obrigado pelo esclarecimento Carlos. Imagino eu que essas planilhas fazem o cálculo dessa forma pois é mais simples ( subtrair a saída da entrada  )  enquanto não encontro ou crio uma que atende essa necessidade , vou calculando esses atrasos ou hora extra de forma manual. 
Novamente obrigado

Bruno, depende muito da quantidade de empregados, como aqui e por volta de 380 empregados que apontam o ponto, então PARAMETRIZAMOS o ponto conforme a necessidade da empresa, e depois de feito a manutenção, (abono médico, atestados, esquecimento de marcar o ponto, dupla marcação(erro), etc...) importamos para a folha. Agora no seu caso,, não sei a quantidade, cabe a empresa, o importante e quando o empregado for assinar o ponto (cartão/ficha), essas informações não poderão ser mais alterada, ok.. (senão o empregado irá questionar que assinou uma coisa e a empresa lançou outra).