Registro de Funcionário no CNO

Boa Tarde a Todos 

Empresa ira contratar funcionário que irá trabalhar em obra própria vinculada a CNO ja aberto, o responsável pelo CNO é o CNPJ da Matriz, mas o funcionário trabalhará na filial(local da Obra), duvida, no momento do Registro do funcionário em qual CNPJ o mesmo deve ser registrado? Matriz ou Filial?

Desde já agradeço respostas 

Att,