Bruno,
O cálculo do funrural é feito sobre NF de produtor rural e alíquota é 2,3% - sendo deste valor 0,3% é outras entidades/SENAR.
O valor do funrural deve ser lançado na sefip/gfip de acordo com a competência.
Provavelmente vc terá que refazer suas sefip/gfip para poder lançar o valor das compras e gerar o funrural a pagar . Isto é o correto.
Caso vc queira gerar a guia manual o código de recolhimento da gfip para funrural é 2607, geralmente eu entro no site https://www.previdenciasocial.gov.br ->guia gps/empregador e o sistema calcula o valor da multa e juros a pagar, separar outras entidades (0,3% ).
Não esqueça de entregar estas nfs para o setor fiscal para ele lançar e retificar também os DAPI's.
Espero ter ajudado.
Caso tenha mais dúvidas entre em contato através do e-mail @Oculto
Um abraço,
Renata