Denise, bom dia.
Desconheço tal decisão, a unica verba que e obrigatorio o desconto para que o mesmo possa ter o beneficio após a demissão e o convênio médico, mesmo que o valor seja de R$ 1,00.
Agora com relação ao vale transporte a legislação menciona ATÉ 6%, então a palavra ATE pode ser 0%,ou seja, custeada pela empresa, o maior problema e quando a empresa não desconta e vem descontar ai sim, o empregado poderá questionar que seu SALARIO foi reduzido, ou seja, a empresa custeava 100% do transporte e esse contava com esse dinheiro, logicamente que caberá a justiça.
Aqui custeamos 100% do vale transporte, temos aproximadamente + 100 empregados que utiliza esse beneficio, e nunca tivemos problema, já passei por várias fiscalizações (em um periodo de 15 anos, 03 fiscalizações do INSS) e não houve esse entendimento.
O que você deve fazer e eu faria e consultar seu depto juridico ou a empresa operadora do seu vale transporte, desta forma terá como provar. ok