Olá Nathalia,
Primeiramente deve-se observar a constituição da empresa, caso seja empresa individual (com um único e exclusivo sócio) o mesmo deverá continuar fazendo a retirada mensal a título de pró-labore.
Caso a empresa seja uma sociedade, sendo constituída por ele mais 1 ou 2 sócios, o mesmo poderá deixar de fazer a retirada repassando a mesma para algum dos outros sócios. Vale ressaltar, que na clausula de contrato referente a administração da empresa todos os sócios devem constar como administradores da sociedade caso, a administração seja exclusiva para este sócio que conseguiu se aposentar o correto é que seja feito uma alteração contratual com as devidas alterações nesta clausula.
Referente ao questionamento levantado de uma possível fiscalização, aconselho que você solicite uma cópia da carta de concessão da aposentadoria e mantenha arquivada com os demais documentos da empresa. Este será um dos documentos com maior validade comprobatória caso algo venha ser questionado junto a Previdência Social.
Espero que tenha ajudado.