Boa tarde !
A sua dúvida , para mim , continua em dúvida, vejamos :
A sede da sua empresa , situa-se na cidade A , você trabalha na cidade B, esse deslocamento a que você se refere é da cidade B para a cidade A ? ou esse deslocamente refere-se somente na cidade B .
Segundo a legislação , o vale-transporte é fornecido para o deslocamento do empregado , trabalho/casa e vice versa, quando não houver possibilidade do transporte coletivo , o empregador deverá fornecer esse deslocamento , através de aluguel de veículo.
Outra hipótese , no meu " achismo " , é que você more na cidade A ( sede da empresa) e trabalhe na cidade B , e permaneça durante determinado período até retornar para a cidade A , parece estar um pouco confuso, mas caso não entenda , poste mais esclarecimentos, que vamos procurar ajuda-lo .