Luana, bom dia.
O seu relato, me desculpe, está um pouco confuso, então vou exemplificar.
Quando o empregado "sai" de férias, a empresa faz um provisão de folha, para que o empregado não fique devendo a empresa, então na grande maioria não se concede o ADIANTAMENTO, isso porque o adiantamento representa aprox 12 dias de salario (40% do salario = 30dias x 40%).
O mês de 30 dias, o empregado irá gozar 15 dias (exemplo) restando então mais 15 dias para receber, se a empresa conceder o adiantamento, então restará somente 03 dias para descontar o INSS (dos 15 dias restante), Vale Transporte, Refeição etcc...., e por isso que a maioria não concede.
Agora não se pode DESCONTAR DAS FÉRIAS horas negativas,
Você menciona que ela recebeu o holerith com o desconto de férias, nesse caso precisa checar com o RH o que aconteceu, em algumas, principalmente quando o rh e externo, a empresa esquece de avisar que as férias FORAM SUSPENSA, lembrando que NÃO PODE DESCONTAR DAS FÉRIAS AS HORAS NEGATIVA(devendo). Imagina se acontece um acidente com o empregado onde ao invés de estar de férias,estava trabalhando porque a empresa "o forçou" por causa de horas negativas, isso pode dar até processo civil, trabalhista e indenização por danos morais, além de outras penalidades como por exemplo o INSS cobrar da empresa pelo valor do beneficio auxilio doença, caso o empregado ingresse com o pedido de auxilio doença por causa da gravidade do acidente durante seu trabalho nas férias,ok..