Minha opinião: Por acordo individual pode, a MP não trouxe travas, justamente para dar flexibilidade as opções que empregador e empregado têm a disposição.
Porém... Duas situações você deve observar: Se você for fazer acordo coletivo, certamente o Sindicato vai palpitar no que pode ou não pode. Segundo, os Sindicatos têm até dia 10/04 para fazer a adequação da convenção coletiva para a MP 936, daí você certamente terá que seguir o que estará na convenção.
Minha recomendação: Na segunda-feira já comece a negociar todos os acordos individuais, e coletivos se for o caso, e aguarde o que vai acontecer até o dia 10/04. Pela lógica esse é o melhor caminho, pois você comunica do acordo aos empregados no dia 06/04, inicia-se o acordo no dia 08/04, fica sabendo se houve convenção até o dia 10/04 (o que permitiria modificar o que foi acordado), e informa o Governo até o dia 18/04.
Essa será a minha estratégia.