Bom dia Marcos da Ponte.
Eu tive caso semelhante ao seu. ao questionar o pessoal do meu sistema eles disseram que por eu estar acessando o portal com o certificado digital do escritório (procuração da empresa) os arquivos não seriam importados, mas não deram maiores detalhes do porquê disso. Fato é que das empresas em que eu tinha o certificado digital instalado em meu computador, realmente deu certo a importação.
Enfim, dessa empresa que eu acessava com o certificado do escritório, pelo prazo curto, desisti de tentar a importação e fiz os cadastros manualmente. O que ocorreu é que as informações no dia estavam aparecendo normalmente após efetuado os cadastros, mas no dia seguinte TUDO tinha sumido e tive de refazer os cadastros. Pelo menos desta vez já faz dois dias que consulto e está tudo "normal" em fase de processamento.