Angela,
Primeiro você deve esgotar as possibilidades antes de procurar o Sindicato para não incorrer no erro de informações.
Como a empresa informa que creditou no cartão, solicite a eles que informem o número do cartão. Mesmo que o cartão não tenha chegado até você a empresa tem como entrar em contato com o fornecedor do benefício e obter esta informação. Ademais, se você utiliza ônibus/metrô em São Paulo Capital, poderá entrar no site da SPTrans e cadastrar-se com login e senha, no portal eles disponibilizam os números de cartões que estão vinculados no seu CPF.
Talvez em algum momento tenha sido vinculado um número de bilhete ao seu CPF e quando a empresa fez o pedido de VT, automaticamente os créditos foram para este bilhete, que inclusive pode estar inativo.
Insista novamente no comprovante de depósito deste valor em sua conta ou bilhete, junto a empresa. Eles precisam comprovar o depósito para justificar o desconto.