Boa tarde!
Como o decreto não deixa explícito a retroatividade e entra em vigor na data de sua PUBLICAÇÃO no DOU (14/07), é aconselhável se resguardar juridicamente e só efetuar novos acordos a partir dessa data, mesmo embora o sistema esteja aceitando a prorrogação de contratos vencidos antes disso, mas como os sistemas do governo vivem apresentando falhas, e juridicamente não há embasamento que retroaja seus efeitos, só façam novos acordos a partir do dia 14/07.
Lembrando que mesmo o sistema processando e aceitando os pedidos de prorrogação retroativos, nada impede de no futuro o pagamento ser suspenso e o funcionário ficar sem a verba, ou ainda o funcionário colocar a empresa na justiça por ter aplicado a redução/suspensão sem fundamentação legal.