Ponto Eletrônico - [Portaria 1510]

Boa tarde pessoal,

Tenho umas dúvida em questões de fiscalizações sobre o ponto eletrônico e acho válido este tópico para troca de informações.

A empresa tem sua escala de horários definidas, respeitando todas as leis (06 hora s/intervalo; 11 horas de descanso interjornada; 02 hora extra máxima permitida e etc.)

Funcionários ciente das leis na sua integração antes do inicio da jornada, mesmo assim ele fere umas das leis trabalhistas, como por exemplo, faz 02h:30m de hora extra, a empresa PUNE o mesmo com advertência por escrito ou até mesmo futuramente suspensão; porém a fiscalização vem e vê os limites estourados da lei, no meu ver, a empresa ja fez a sua parte, orientando e fazendo a escala, mesmo assim ela sera multada? Mesmo mostrando que agiu com o erro do funcionário, aplicando a advertência? 

Como se vigiar para não se multada? É um caso complicado pois se fosse poucos funcionários, dava para controlar, porém são mais de 400 colaboradores.