Boa noite Larissa,
O comprovante de depósito bancário é documento hábil para dar quitação referente aos salários. Diante disso meu entendimento é de que a disponibilização do contracheque via e-mail ou portal da empresa é válida.
Quanto a se recusar a fazer a entrega impressa seria prudente verificar se existe alguma restrição no acordo coletivo da categoria. Ainda que não exista cláusula no acordo coletivo obrigando a entrega física do contracheque, sugiro a você que faça esta entrega quando solicitado, evitando que o funcionário alegue que não teve meios de acessar o comprovante de pagamentos.
Quanto aos funcionários que não se importarem de receber a via eletrônica, em uma eventual demanda trabalhista os comprovantes de depósito servirão para comprovar a quitação dessas verbas.
espero ter ajudado e aguardo outros posicionamentos dos colegas.