Rescisão - 2 números de PIS

Olá, tudo bem? 

Tenho um rescisão para fazer, e na hora de simular a rescisão verifiquei que o funcionário possui dois números de PIS. Agora não sei o procedimento que devo realizar.
Ele foi registrado aqui na empresa pelo PIS nº1. Faço a rescisão normalmente, pelo PIS nº1 e depois ele faz a unificação, ou ele precisa fazer a unificação primeiro para depois fazer a rescisão com o número certo? Ou preciso fazer de alguma forma diferente? 

Agradeço desde já.

Julia boa tarde!
01 - Com a implantação do eSocial foi criado um auxilio na contratação denominado de Qualificação Cadastral que faz com que antes de contratar vc demonstre esta duplicidade cadastral e coloca na mão do funcionário para ela arrumar;
        1.1 - Pelo visto não foi feita Qualificação Cadastral antes de contratar, ai cabe a empresa que o contratou arrumar tal duplicidade.. . . .