Contrato experiência

Bom dia pessoal! tudo bem?
Estou com uma grande dúvida referente a uma rescisão por contrato de experiência. 
Contratamos um funcionário no dia 28/09 com prazo de experiência de 45 + 45 dias.  Os primeiros 45 dias venceram no dia 11/11.
Nesse caso em especifico, não tínhamos a intenção de encerrar o contrato de experiência deste funcionário, ele trabalhou conosco até o dia 13/11 e no dia 16/11 pediu demissão. 
Nossa empresa não tem contabilidade interna, então todos os arquivos de funcionários ficam em outro lugar, o que torna o deslocamento da documentação um pouco atrasada, nós não estávamos com a pasta/documentação aqui para prorrogar o contrato por mais 45 dias, mas quando emitimos o pedido de demissão o sistema automaticamente puxou como pedido de demissão antecipado pelo contrato de experiência de 45 dias, prorrogado por mais 45 dias.

Minha dúvida é, a rescisão deste funcionário sendo feita com os descontos dos dias faltantes para os 90 dias,  poderá acarretar problemas para a empresa por não ter coletado a assinatura deste funcionário na prorrogação do contrato? 

espero que a duvida e a situação tenha ficado clara, rs. 

Olá Laila,

Essa é uma falha comum das empresas, não recolher a assinatura do empregado no momento da prorrogação do contrato de experiência.
Sim, descontar os dias restante pode trazer problemas, ele pode pleitear na justiça o contrato por tempo indeterminado se isso for mas vantajoso para ele. 

Mas o que você pode fazer que está dentro da legislação é considerar como contrato indeterminado e descontar do funcionário o Aviso Prévio, como ele tem poucos meses na empresa é bem provável que zere a rescisão. 

Se não foi feita a prorrogação, mediante assinatura do empregado, o contrato de trabalho foi automaticamente convertido em contrato por prazo indeterminado. Nesse caso, o empregado deverá cumprir aviso prévio de 30 dias, sob pena de desconto.

Obrigada pelas respostas!

o contrato se torna indeterminado mesmo sendo o vencimento do primeiro prazo de experiência? No caso, ele ainda teria o 2° período, vencendo os 90 dias em 26/12. 
A rescisão dele ainda acabou gerando um saldo de quase R$200,00.....
estamos tentando conversar com ele mas ele não está querendo resolver a situação de forma amigável.