Desconto de IRRF em duplo vínculo

Boa tarde,

Um funcionário duplo vínculo (duas matrículas, uma no CNPJ X, outra no CNPJ Y)

CNPJ X, base para IRRF: 2823,40
CNPJ Y base para IRRF: 4981,58

O cálculo do IRRF é igual do INSS quando se trata de duplo vínculo? 
Pois em duplo vínculo se a base do INSS passar do teto, fica o valor do teto. 

IRRF soma as duas bases ou cada macaco no seu galho? 
Minha dúvida é porque, na DIRF, cada empresa gera a sua, levando às informações constada na sua matrícula.

OBS: As duas empresas são cadastradas no sistema (PREFEITURA E CÂMARA DE VEREADORES) 

Obrigado desde já.

Fontes pagadoras distintas, cálculos distintos, já que não existe limite para a retenção do IR.
"Cada macaco no seu galho".