Bom dia Oseias,
Pra não ter uma confusão de entendimento entre empregador x empregado, melhor seria o empregador abater a quantidade não utilizada pelo empregado na próxima recarga, ou seja, teve 5 faltas no mês de Março, para a recarga do mês de Abril compraria 5 dias a menos.
No holerite o desconto é normal conforme Lei 73418 de 16 de Dezembro de 1985, artigo 4º - parágrafo único, sendo 6% do salário básico ou vencimento, ou o valor da compra se este for menor que os 6%.:
" Art. 4º - A concessão do benefício ora instituído implica a aquisição pelo empregador dos Vales-Transportes necessários aos deslocamentos do trabalhador no percurso residência-trabalho e vice-versa, no serviço de transporte que melhor se adequar. (Artigo renumerado pela Lei 7.619, de 30.09.1987)
Parágrafo único - O empregador participará dos gastos de deslocamento do trabalhador com a ajuda de custo equivalente à parcela que exceder a 6% (seis por cento) de seu salário básico."