Erro no Registro de Funcionários.

O Registro de Funcionários esta fora de irá ficar fora de ordem, pois usavam a planilha de excel para fazer "as matriculas", corrigimos esse erro, só que no sistema que temos na empresa e estamos usando para registro esta acabando, e assim ficaria fora de ordem... ficando um "lapso" entre uma matricula e outra, como podemos corrigir essa situação, caso o MTE fiscalize? 
Por exemplo: Empresa: 0001-98 registrei 0 à 200 e no outro cnpj 0001-94 usei 201 à 300, e agora acabo esses registros, e terei começar o da empresa 0001-98 com 301, esse pulo de registro, Como posso corrigir isso? Existe algum embasamento legal?

É só anotar no livro de ocorrências, que as matrículas foram "puladas".
Mas vocês usam fichas? Porque o registro agora, é eletrônico, sem livros ou fichas.

João H Jr , sim nós usamos as fichas de registro, geramos os números de  matriculas pelo sistema da empresa, acontece que esses n° de matriculas, "registros" estão acabando e irá ter esse pulo. 
Como é algo que não sabemos o que fazer para corrigir, estamos com essa duvida, pois caso haja fiscalização como iremos explicar esse "pulo" já que os registros tem que ser por ordem cronológica.  

 sim nós usamos as fichas de registro, geramos os números de  matriculas pelo sistema da empresa, acontece que esses n° de matriculas, "registros" estão acabando e irá ter esse pulo. 
Como é algo que não sabemos o que fazer para corrigir, estamos com essa duvida, pois caso haja fiscalização como iremos explicar esse "pulo" já que os registros tem que ser por ordem cronológica