Entao, na verdade eu já aconteceu comigo, um caso semelhamente. E na referida situação a empresa aceitou o pedido de dispensa da funcionária.
Pouco menos de um mês, a mesma entrou na justiça, alegando a sensibilidade no periodo de gestação e etc, e mesmo parecendo um absurdo, o juiz aceitou o mesmo. E me lembro de o juiz mencionar que o "Funcionário não tem direito de abrir mão dos direitos dele".
Seria o equivalente de uma empresa não registrar um funcionário, porque o mesmo não quis ser registrado.
A obrigação da emrpesa é registrá-lo independente da vontade do funcionário.
No entanto, o Sindicato dos Metalúrgicos, pelo menos em Guarulhos, faz um procedimento em que a funcionária assina um termo, onde consta que está ciente da estabilidade e abre mão da mesma.
E como na ocasião da assinatura há um representante do Sindicato que orienta todos os direitos da funcionária, e ainda assim a mesma abre mão, há um respaldo maior no caso de um eventual problema.
Então sugiro que procure o Sindicato da Categoria de sua região e se informe.
Espero ter ajudado.