Juliana, boa tarde!
Eu passei por uma situação como esta.
A empresa concedia o transporte aos empregados, pois, a empresa era de difícil acesso de transporte público e descontávamos os 6%, até que tivemos um processo trabalhista e tivemos que rever isso, pois, se a empresa desconta do empregado 6% de transporte, mas concede o transporte porque o local é de difícil acesso, a responsabilidade é toda da empresa.
Como não sei se sua situação é por conta de difícil acesso, poucos horários ou algo sim, sugiro que fale com o jurídico sobre. Mas nós, como empresa, neste caso, perdemos a causa.
Espero ter ajudado.