Olá Michele, tudo bem?
Para o calculo da rescisão você deve calcular por parcelas, para verificar os direitos do trabalhador.
As férias, o trabalhador perde se ficar afastado por 06 meses 180 (dias) dentro do período aquisitivo, então no primeiro periodo aquisitivo de 01/10/2005 a 30/09/2006 ele ficou afastado por 64 dias, não perdeu, paga as férias vencidas, no segundo periodo 01/10/2006 a 30/09/2007, ficou afastado por 151 dias, também não perdeu paga proporcional até a data da rescisão.
13º salário para ter direito o trabalhador deve trabalhar pelo menos 15 dias no mês para fazer jus ao 1/12 avos. Se ele ficou afastado até 28/02/2007, então o 13º salario será pago de março para frente até a data da rescisão, verificando a parcela de 1/12 avos referente ao Aviso Indenizado.
As demais verbas rescisórias serão pagas normalmente, Aviso Previo Indenizado, Saldo de salario, e outras, sempre consultando o Acordo Coletivo de Trabalho da categoria.
Abraços.