Processo contra empresa e não está trabalhando, mas está ativo na empresa sem remuneração.

Boa tarde, pessoal. Tudo joia? 

Estou com uma situação que nunca havia acontecido e não sei como prosseguir, enfim... uma funcionária se afastou por motivos de doença não relacionada ao trabalho, tentou dar entrada na previdência mas foi negada e deu que estava apta a trabalhar, durante esse período não estava indo trabalhar. O empregador decidiu mandar embora, fez o aviso prévio, mas a colaboradora foi até um advogado que orientou a não assinar, pois iriam entrar com um processo contra a previdência.  Resumindo,  ela está processando a empresa... durante esse período não foi lançado afastamento e nem está pagando remuneração para mesma, não sai na folha por conta que realizamos os lançamentos de quem é horista de forma manual e não está incidindo nenhum imposto (não está saindo na sefip) . Referente ao período aquisitivo de férias está contando normal, mas o correto era pausar, certo? 

O que devo fazer nessa situação, como devo prosseguir? 

Desde já agradeço.