Oi. Vejo isso com dois olhares..
1° . O erro do colaborador em não monitorar corretamente sua jornada. isso, além de lhe causar prejuízo financeiro já que pode estar não registrando horas extras e etc.. ainda lhe causa transtorno que vão desde advertências a outros.. já que ele esta deixando de cumprir sua responsabilidade quer é o correto registro e marcação de ponto. Inclusive, muitas empresas incluem esta informação no regulamento interno e prevendo as possíveis sanções nestes casos.
02° um erro da empresa. pois é preciso que tenha alguém responsável por este monitoramento. Se não for possível diário, no mínimo semanal. Assim evitando estes acumulos e problemas.
Na lei, diretamente, não lembro de haver previsão de desconto por não haver registro..por lei, o correto seria uma boa e franca conversa ( ou a famosa advertência verbal ), posteriormente em uma reincidência evoluí-la para uma advertência escrita explicando os males do não registro correto. ( seguindo o regimento interno sempre ). Mas não é devido o desconto o dia por exemplo, devido a falta de registro..