É permitido colaboradores do mesmo setor e função trabalhando mais horas, 40h e 44h semanais?

Eu trabalho em uma empresa e estou em um setor com 6 pessoas, 3 trabalham 44 horas semanais e 3 trabalham só 40 horas. Eu gostaria de saber se isso é permitido pela legislação trabalhista. 
É importante ressaltar que se tratam de duas empresas, em que uma comprou a outra, então os CNPJs que realizam o pagamento desses colaboradores é diferentes, porém, trabalhamos no mesmo time/setor e respondemos diretamente ao mesmo gestor. 
Essa situação está causando bastante desconforto na equipe, por entendermos que é injusto e principalmente por não sabermos se é permitido. 

Bom dia,
Precisamos analisar algumas situaçoes:
Os demais colaboradores com Jornada menor exercem a mesma funçao, recebem o mesmo valor de salario?