Bom dia!!
A funcionaria está recebendo auxilio maternidade pago pelo INSS, pois a mesma é autonoma ou contribuinte individual?
Já tive caso em que a socia recebeu auxilio maternidade pelo INSS, pois era contribuiente individual e sendo assim a deixei sem retirada de pro labore, para ter direito a receber esse auxilio.
No seu caso se for registrar a funcionario em uma nova empresa, aconselharia a terminar o prazo da licença. Entretanto não tenho certeza, mas acredito que a mesma perderia o direito a licença.