Somatória de horas extras e descontos de atrasos

Olá, caros e nobres colegas.

Estou com o seguinte caso.

Uma empresa paga o salário fixo para seus funcionários e alguns funcionários tiveram atrasos e horas extras ao mesmo tempo.

O horário de trabalho é das 08:00 hs até as 16:00 hs com 01 hora de intervalo total de 07 horas diárias.

Nesse caso aconteceu um problema:

Um funcionário na entrada teve um atraso de  00:40 minutos. E também teve um extra no mesmo dia de 02:00 horas.

Ou seja ele entrou as 08:40Hs saiu para intervalo as 13:00 hs voltou as 14:00 hs e terminou seu horário as 18:00 hs.

Como devo fazer o calculo de atraso e extra nesse caso ?

Paga se o extra de 02:00 horas como ele tivesse trabalhado o período inteiro e desconto oS 00:40 minutos de atraso ? 

Desde-já muito obrigado a atenção de todos !!!

Olá !
O cálculo de atraso e horas extras é independente, pois utilizam bases de cálculo diferentes:

Atraso: O atraso deve ser descontado diretamente do total de horas trabalhadas no dia.

Horas Extras: As horas extras são calculadas com base no tempo trabalhado além da jornada regular e são pagas separadamente.Portanto, o atraso não influencia o cálculo das horas extras.

Ambos são tratados de forma distinta no cálculo da folha de pagamento.

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José aqui pago as horas extras e desconto o atraso.

Hugo Luciano Costa Guimaraes.

Exemplificando:
Como no meu caso o funcionário que deveria entrar as 08:00 atrasou 00:40 minutos. Desconto os 00:40 minutos.
Nas horas extraordinárias vejo oque passou de sua jornada de 07:00 diárias e pago o extra.
Seria dessa forma ?

desde-já muito obrigado a atenção de todos.