Desconto VT em horário híbrido

Olá pessoal!
Tenho um caso aqui de um funcionário que trabalha 2 dias na semana, dependendo do mês da 8 ou 10 dias por mês.
Minha dúvida é quanto ao valor do benefício mensal e o descontado em folha (6%).
Usando exemplo desse mês, o valor da recarga do VT ficou em 153,90 e o desconto de 6% 151,42. 
Não estaria o funcionário "pagando" para ir trabahar?
Há algo que eu possa fazer para diminuir esse desconto para o funcionário, que esteja previsto em lei?

Ótimo dia Deborah!

O desconto de vale transporte deve ser de até 6% (salvo em convenção coletiva) ou o mais favorável ao funcionário.

Por exemplo, se 6% de vale transporte da R$ 200,00, e o vale transporte que ele utilizou foi de R$ 50,00, desconta apenas o R$ 50,00.

Sim, você pode diminuir a porcentagem do desconto para o colaborador.
A lei diz que o desconto é até 6%. Você pode diminuir o desconto para 2%, por exemplo.