Vale Transporte

Olá.

Trabalho em uma empresa que é pago o vale transporte, o valor é pago na folha de pagamento como "indenização transporte".
Metade dos funcionários ficam em uma unidade e a outra metade fica em outra unidade prestando serviços para uma terceira.
Esses funcionários que ficam em outra unidade reclamaram do valor do VT que é de R$ 200,00 e a empresa aumentou o valor para R$ 250,00.
Porém, não aumentou dos outros funcionários, gostaria de saber se eles podem fazer isso? e o que podemos fazer.

O transporte não é um valor tabelado e sim conforme o valor diário usado pelo funcionário.
Salvo tenha cláusula específica em CCT .