Sistema da Folha Não Cálculo IR

Bom dia!

O sistema da Folha não calculou o IR do colaborador.

Então não houve o desconto e a empresa não fez o repasse do valor uma vez que não houve o desconto.

Porém foi identificado que deveria ter sido descontado. 

A dúvida é a empresa deve fazer o pagamento do IR retroativo ou o que passou passou e acertar a partir de agora? 

Quais os riscos que a empresa corre?

Minha sugestão é retificar a folha de pagamento da competência e as declarações, recolher o imposto e descontar na próxima folha  de pagamento do colaborador.

Para início, o correto de tudo é como o Alberto disse, refaça a folha e emita a diferença dos encargos, etc.

Entretanto eu questiono, o valor é muito alto?
Se for um valor "irrisório" de 20 reais, eu não vejo a necessidade de reabrir toda a folha para recalcular um valor tão pequeno.
O risco é de acordo com o tamanho do valor a não ser descontado. Porém, erros acontecem e o IR é um erro bem comum.