Registro de funcionário

Bom dia! Uma empresa MEI que está aberta exercendo atividade de restaurante e não tem alvará e inscrição municipal e tem funcionários trabalhando sem carteira, a proprietária da empresa que regularizar a situação e fazer o desenquadramento do MEI para migrar no Simples Nacional. A minha dúvida é a seguinte posso registrar os funcionários, fazer o desenquadramento do Mei e processos na Junta e RFB e depois fazer a entrada no alvará, o fato de registrar esses funcionários sem a empresa ter o alvará causaria algum problema ? Alguém pode me aconselhar nessa questão?