folha de ponto descontos por falta

bom dia, pessoal comecei na área de DP a pouco tempo  em uma empresa pequena e fiquei com duvida em como proceder no seguinte caso a empresa trabalha com banco de horas de 6 meses fez acordo individual com cada colaborador, e para isso utiliza um software de registro de ponto, só que nesse acordo realizado com os funcionários, ficou acordado com o dono da empresa que as faltas não seriam descontadas na folha de pagamento do colaborador no caso elas iriam  para o banco de horas mesmo que o colaborador não apresentasse justificativa ( é claro quando o colaborador apresenta algumas das justificativas previstas em lei abonamos os dias ou horas de ausência) mais o ponto é o software de ponto mesmo eu explicando que a empresa não desconta faltas, vem no espelho ponto descontos por falta( a empresa não desconta paga o salario como se o colaborador não tivesse faltado) a pergunta é como faço para regularizar essa situação de forma legal para que na folha de ponto não venha com essa informação? na conversa com o suporte desse software me falaram que os descontos contidos no espelho ponto seriam referentes aos DSR ,porem se o acordo da empresa permite as faltas desde que sejam compensadas posteriormente, não deveria abonar o DSR?