Jornada de Trabalho, horários de descanso.

Olá!

Somos indústria com o horário de trabalho de segunda a sexta-feira das 07:00 as 16:48, com intervalo para almoço das 11:00 as 12:00.

Minha dúvida é que se no período da tarde, precisamos fazer uma pausa de 15 minutos para descanso devido passar de 04 horas direto?

Se caso realmente tenha, deve constar no contrato de trabalho do funcionário? Devemos alterar o horário de saída para 17:03?

Aproveitando a questão, utilizamos atualmente o relógio de ponto cartográfico, onde não tem a opção de registrar esse intervalo, como deveria proceder?

Sergio, bom dia!

Essa pausa que o empregador da para o café, é por liberdade do empregador, porque a jornada intrajornada, seria:

Jornada de trabalho até 4h, sem intervalo
Jornada de trabalho de 4h a 6h, 14 minutos de intervalo
Jornada de trabalho com mais de 6h. intervalo de 1h até 2h.

Estamos falando da jornada de trabalho total e não da divisão com a cada 4h trabalhada, com um intervalo.
No seu caso são 8h48 de trabalho por dia, com 1h de intervalo, e o empregador por liberdade disponibiliza 15 min de café sem alterar a jornada de trabalho para mais tempo. 

Muito obrigado pelo esclarecimento.