Como calcular ST do frete com mais de um MVA/IVA?

Substituição Tributaria! Como calcular ST do frete e despesas acessórias quando há mais de um MVA/IVA?
Boa tarde. Parabéns a todos da equipe do Forum pelo excelente trabalho e em especial pelo "Trabalho-ST" que ficou excelente!

Bom, os exemplos para compor uma base de cálculo de ST em geral são:
BC = (Valor mercadoria + frete + outras despesas+ IPI) x margem de lucro.

Se for um único MVA/IVA não vejo problema nesta fórmula, mas, e se a empresa fabrica produtos com MVA/IVA diferentes, como calcular o frete e as outras despesas acessorias?
Qual MVA/IVA eu utilizo para o frete e despesas acessórias?

Outro exemplo: A pauta fiscal. Se tomarmos, por exemplo, uma mineradora, a pauta fiscal e a seguinte:

Produto Pauta Fiscal
Galão de 10 litros 4,13
Galão de 20 litros 5,01

Se vender estes dois produtos como será o cálculo do frete?
Agradeço desde já a todos que se prontificarem a responder.

Me desculpem, acabei de ver a besteira que fiz, coloquei em sala que nada tem a ver. Mais uma vez me desculpem.