Controle de horas extras e atrasos no fechamento da folha

Pessoal, aqui na empresa ainda fazemos boa parte da conferência de ponto manualmente e isso acaba gerando diferença no fechamento quando o funcionário tem atraso, saída antecipada e hora extra no mesmo período.Queria saber como vocês costumam fazer esse controle no dia a dia para evitar erros

Aqui passamos por isso também. Quando começa a misturar atraso, saída antecipada e hora extra no mesmo período, a conferência manual acaba gerando diferença no fechamento da folha.
O que ajudou bastante foi padronizar o espelho de ponto e conferir tudo antes do fechamento, principalmente em semanas com muitas alterações de jornada. Também começamos a usar uma calculadora hora extra para validar os cálculos e reduzir erro no DP.
Mesmo pequenas diferenças de minutos podem virar problema depois em holerite ou reclamação trabalhista.