Ton, Boa tarde!
Tudo é variavel...
Se só foi CALCULADO (O dinheiro NÃO foi pago)
Esse é o caminho mais fácil. Como o dinheiro não saiu da conta da empresa, você só precisa limpar o sistema.
Então exclua os eventos de cálculo de maio (S-1200) deste funcionário. Se a folha geral de maio já estiver fechada (S-1299), você precisará reabri-la primeiro.
Depois, exclua a admissão errada (S-3000) para apagar o registro do dia 27/05 e refaça do jeito certo com a data para 01/06 e reenvie a admissão (S-2200). Em junho, ele receberá o salário cheio normalmente.
Mas atenção, aqui ainda existe possibilidade de multa pois vai fazer em atraso uma admissão que era do dia 01/06.
Se foi PAGO (O dinheiro JÁ CAIU na conta dele)
Minha orientação é que você não altere ou exclua o que existe no eSocial.
A melhor opção seria fazer um acerto de contas. Deixe o eSocial com o cálculo de maio do jeito que está (com os dias proporcionais) e na folha de junho, você vai lançar um desconto no holerite dele com o valor exato que ele recebeu a mais em maio. Coloque como "Estorno de Dias Não Trabalhados" ou "Adiantamento de Salário".
Na prática ele vai receber o salário de junho com o desconto de maio, acertando os valores pagos e a receber. E ainda não deixa a empresa passivel de penalidades.