Empréstimo consignado não descontado em folha: responsabilidade da empresa

Boa tarde!
Gostaria de uma orientação sobre uma situação envolvendo empréstimo consignado.
Por um equívoco da empresa, não foi realizado o desconto em folha nem o repasse ao banco de algumas parcelas do consignado de dois colaboradores.
Agora estamos em dúvida sobre qual é o procedimento mais adequado:
A empresa deve solicitar ao banco a atualização dos boletos e quitar as parcelas em atraso, mesmo sem ter feito o desconto dos empregados?
Ou é possível deixar que o banco faça a cobrança diretamente aos colaboradores, já que os descontos não ocorreram?
Minha principal dúvida é: caso a empresa não efetue esse pagamento, quais consequências podem ocorrer? O banco pode cobrar a empresa judicialmente, aplicar multas ou exigir indenização, considerando que a obrigação de repasse não foi cumprida?
Outro ponto é que, se a empresa pagar agora, provavelmente não haverá margem consignável (35%) suficiente para descontar posteriormente esses valores dos funcionários. Além disso, ambos serão desligados em breve.
Alguém já passou por uma situação semelhante ou sabe qual costuma ser o procedimento mais recomendado, tanto do ponto de vista trabalhista quanto em relação ao banco?
Desde já, agradeço a ajuda.