O atestado para 90 dias indica qual CID? Foi médico da empresa ou do SUS que emitiu o atestado? Vc não acha que 90 dias corridos, diretos, é muito estranho? A não ser que seja gravidez de risco! Mas para isso deveriam ter feito exames (ou a funcionária seja hipertensa) .
Verifique direitinho a validade deste atestado. Se preciso, abra um "processo administrativo para confirmação de atestado" junto ao órgão (hospital, posto médico) que a atendeu e emitiu a dispensa - avise a funcionária que é procedimento padrão da empresa para atestados superiores a 15 dias(pois há casos de falsidade ideológica cumulada com falsificação de documento público se atestado do SUS).
Em todo caso, se não for possível colocá-la em licença, faça a sua parte pois mesmo desempregada a segurada grávida tem direito ao benefício licença maternidade, e como ela ainda está em experiência não terá direito a estabilidade prevista e ao fim do contrato poderá dispensá-la, se for o caso.
Espero ter ajudado.