Generilson, no meu entendimento esses valores não são para pagamento do serviço contratado, pois trata-se de um reembolso de despesa acertado pelas partes na contratação do serviço, não podem, por isso, ser alvo de descontos previdenciários.
Se a empresa vai procurar, junto a sua contabilidade, abater através do convênio PAT, é outra questão.
Aliás, não deveria constar tal despesa do RPA do profissional. Pode-se fazer por meio de nota de débito.
É semelhante ao contratar o serviço de um técnico pra consertar a nossa televisão: tem o valor do serviço propriamente dito (o custo do serviço), e tem a despesa do técnico com a compra de uma peça, ou até (como no caso) o acerto pela despesa com alimentação em virtude do serviço ter tomado o dia todo do técnico.
Essa é a minha opinião. Espero ter ajudado.