Bem, Roberto, toda despesa para ser reembolsada/indenizada tem de ser antes documentada. Assim, se houver pernoite, deverá o trabalhador apresentar a o documento da despesa devidamente identificado-o como quem de fato gerou essa despesa (cuidado, pois eles podem pegar emprestado um recibo de outro colega de estrada!) , assim caracterizado o pernoite, a empresa reembolsa-o pela despesa de hotel (motel...vaga...etc) e paga o "pernoite" que é uma indenização por ter ele ultrapassado o horário de retorno a residência. Outra forma de verificar se há direito ao pernoite é a quilometragem rodada que deverá ser conforme descrito na CCT, então, configurado o direito, paga-se o pernoite.
No caso de não haver pernoite, paga-se simplesmente o salário acordado entre as partes, pois o pernoite nem sempre é frequente, ele costuma ser
eventual (depende da empresa, do serviço...).
O vale refeição (almoço ou jantar) deve ser na forma de reembolso, ele faz o gasto e a empresa reembolsa de acordo com o valor presente na CCT (se ele gastar mais, será por conta própria). A empresa pode antecipar a concessão do Vale Refeição e do Vale Transporte, mas, de acordo com a tipificação do serviço, pode ser o reembolso realizado diariamente. Os descontos em holerite deverão seguir o total concedido em Vale Refeição e do Vale Transporte o salário base ou o que dizer na CCT.
Importante relembrar que o Sindicato do Transporte é dos poucos onde o vale transporte é dado em dinheiro, mas é, na verdade, um reembolso. Por isso sugiro que não deixe caracterizar pagamento antecipado, preferencialmente. O trabalhador faz a despesa e a empresa o reembolsa.
Na minha opinião esses lançamentos (pagamento e desconto) deveriam ser à parte do holerite, mas vc pode consultar o Sindicato (patronal!!!) pra ter certeza que não haverá problemas futuros com alegações pelos empregados de integrar os valores à remuneração.
Espero ter ajudado.