Valdiceia, se a empresa não irá dispensar os serviços desse escritório contábil, sugiro que vc os contate (o escritório contábil) e peça orientação do melhor proceder, afinal, tmb será do interesse deles que vc consiga realizar seu trabalho sem complicações ou atropelos.
Em linhas gerais, vc precisará do escritório contábil o livro ou fichas de registro, o livro de inspeção(se houver), a documentação de cada funcionário (se houver) como comprovantes de residência, RG, CPF/CIC, exame médico ocupacional..., os registros dos laudos de medicina e segurnaça do trabalho, a senha para o SEFIP...
São muitos detalhes, não sei o que vc já tem na empresa, não sei de que ponto realmente vc terá de partir para essa implantação, não sei do quanto vc entende do setor.
Por isso, sugiro q contate o pessoal lá do escritório contábil, eles devem lhe ajudar.
Boa sorte!!