Reinaldo, é sempre de bom tom (e mais seguro) consultar o Sindicato quanto tratar-se de materia que deverá, por força da Lei, ser regulada pelo órgão representativo de cada categoria (Sindicato/Federação Sindical). Imagino que o sindicato em questão seja omisso, em sua CCT, ao que tange a implantação e gestão do Banco de Horas de seus representados.
A sua menção à "...quantidade de horas no fechamento anual,..." me fez lembrar, certa feita, num empresa onde o ponto eletrônico era novidade e o funcionário que o empregador mandou pra estudar a utilização do sistema era completamente leigo em controle de ponto, jornada de trabalho..., e esse sujeito fez com que todo mundo (todo mundo mesmo!) ficasse devendo umas 20hs por mês!!! Ele pensava que os empregados tinha de trabalhar exatas 220hs por mês!! Não sabia ele que essas 220hs já incluiam as horas remuneradas do descanso semanal dos mensalistas.
Portanto, quando se faz o fechamento anual é importante verificar se houve, de fato, saldo negativo ao mês, considerando-se que a jornada laborativa semanal é de no máximo 44hs. O trabalhador pode não ser responsabilizado pelo controle mensal de suas horas uma vez que esta tarefa é do empregador, ao verificar que o funcionário está trabalhando menos horas pelas quais é remunerado, devendo rever sua escala, reajustar a grade de atividades de modo a não reduzir o salário do trabalhador de forma unilateral - se o empregador leva o empregado a trabalhar menos com consequente redução de seu salário.
Diante disso, e sendo a CCT omissa ao que tange Banco de Horas, vejo como arriscado compensar em forma de pecúnia ou compensação nos demais direitos do trabalhador (férias, etc) esse possível saldo negativo.
Não nos esqueçamos que em juízo de trabalho o ônus da prova é invertido.
Espero ter ajudado.